حرص قانون المشروعات المتوسطة والصغيرة ومتناهية الصغر على تبسيط إجراءات الترخيص وتشجيع أصحاب المشروعات على توفيق أوضاعهم، من خلال تحديد رسوم إصدار التراخيص والموافقات والتصاريح بما يتناسب مع حجم المشروع.
ووفقًا للمادة (54)، يسدد صاحب المشروع لوحدات الخدمات بالجهاز الرسوم التالية:
بحد أقصى 5 آلاف جنيه للمشروع المتوسط.
بحد أقصى ألفي جنيه للمشروع الصغير.
بحد أقصى 500 جنيه للمشروع متناهي الصغر.
وتُحصّل هذه الرسوم وفقًا لقانون تنظيم استخدام وسائل الدفع غير النقدي، بينما تحدد اللائحة التنفيذية فئات الرسوم بحسب طبيعة النشاط، ويجوز زيادتها بنسبة لا تتجاوز 5% سنويًا بقرار من الوزير المختص بناءً على اقتراح الجهاز.
ضوابط إصدار التراخيص
ألزمت المادة (43) ممثلي الجهات المختصة بطلب استيفاء المستندات اللازمة خلال خمسة أيام عمل من تاريخ تقديم طلب الترخيص، وإلا اعتُبرت المستندات مستوفاة، مع حظر طلب أي مستندات إضافية بعد انتهاء هذه المدة.
وتلتزم الجهات المختصة بتحديد اشتراطات التراخيص بما يتناسب مع طبيعة المشروعات، ويحق لصاحب المشروع الحصول على ما يفيد استيفاء الاشتراطات من خلال مكاتب الاعتماد أو الجهات المختصة أو وحدات تقديم الخدمات بالجهاز.
التصرف في العقارات
نصت المادة (75) على أحقية الجهاز، وفقًا لمعاييره، في طلب تخصيص عقارات مملوكة للدولة أو للأشخاص الاعتبارية العامة للمشروعات، سواء بالبيع أو الإيجار أو حق الانتفاع أو التأجير المنتهي بالتملك، خاصة للمشروعات التي يتطلب توفيق أوضاعها نقلها إلى مواقع أخرى.
ويتم التخصيص وفقًا لحجم المشروع وطبيعة نشاطه وقيمة استثماراته، مع عدم انتقال ملكية الأرض قبل الانتهاء من توفيق أوضاع المشروع.
ضمان حق الانتفاع
أكدت المادة (20) أنه في حال تخصيص العقار بنظام بيع حق الانتفاع ورهن هذا الحق لضمان تمويل المشروع، فإن حق الانتفاع يظل قائمًا حتى انتهاء مدته المقررة، حتى في حالة وفاة المنتفع أو زوال الشخصية الاعتبارية.
العقوبات
تنص المادة (104) على معاقبة كل من يقدم بيانات أو مستندات غير صحيحة بقصد الحصول على ترخيص مؤقت أو توفيق أوضاع مشروعه، بالحبس وغرامة لا تقل عن 10 آلاف جنيه ولا تجاوز 100 ألف جنيه، أو بإحدى هاتين العقوبتين، وذلك مع عدم الإخلال بأي عقوبة أشد ينص عليها قانون آخر.

